가사와 곡조가 매우 애잔하다. 1절 가사만 본다면 목포를 배경으로 한 여인의 이별의 아픔을 그리고 있다고 볼 수도 있지만 2절, 3절 가사와 엮어서 보면 나라 잃은 설움을 노래하고 있다는 것을 알 수 있다. 조선총독부의 검열로 가사를 바꿔야 했던 2절 가사의 '삼백년 원한 품은 노적봉 밑에'라는 부분은 이순신 장군이 임진왜란에서 왜군과 싸웠던 고사를 그대로 다루고 있다. [1] 특히 목포항은 군산항과 더불어 일제강점기에 전라도에서 수확한 쌀의 상당량이 일본으로 강제반출된 곳이기도 하며, '목포의 눈물'이라는 제목부터 이미 망국의 설움을 말하고 있고, 그것을 노래가사에서도 말하고 있기 때문에 당시 유화정책을 쓰고 있던 조선총독부에서조차도 관련자들을 소환해 가사를 바꿀 것을 지시했다. 이처럼 깊은 한과 울분이 숨겨진 민큼 목포의 눈물은 나라 잃은 슬픔을 달래주는 상징적인 곡으로 국민적인 인기를 얻을 수 있었다.

해방 이후에도 전라도를 대표하는 곡들 중에서도 최고의 노래로 자리매김하게 된다. 1980년대 이후에는 프로야구 출범을 계기로 광주를 중심으로 한 전라도 지역을 연고지로 하는 해태 타이거즈의 응원가로도 매우 유명했다.

1980~1990년대에 리그를 지배했던 해태 타이거즈는 한국시리즈에 진출하면 경기장 중립 규정 때문에 5~7차전을 잠실에서 치르는 경우가 대부분이었다. 이 때 해태 팬들의 응원석 쪽에선 이 노래가 나오면 가히 종교집회를 연상케 하는 그 무엇이 응원석을 맴돌았는데 술에 거나하게 취해 혀가 꼬여서 노래 부르는 사람도 있었고 역전 홈런이나 안타, 삼진이라도 나오면 울면서  이 노래를 불렀다. 전라도 출신의 아버지를 둔 1980년대 생이라면 이 주제를 가지고 한 번 물어보자. 상세하게 설명해주실 것이다. 한 마디로 전라도의 한(恨)이 담겨 있는 노래다. 여기에 덧붙여 목포의 눈물을 완창한 뒤 야구와는 전혀 무관한 이름이었지만 호남인들에게는 떼려야 뗄 수 없던 정치 지도자 김대중을 관중석에서 연호하기도 했다.  실제로 김대중 전 대통령도 생전에 이 노래를 즐겨 불렀는데, 김 전 대통령은 신안군 하의도 출신이지만, 초등학교 시절부터 목포에서 자라나 목포를 정치적 고향으로 삼았던 사람인지라 대통령 퇴임 후 목포에 내려올 때면 귀향 기념 행사 때 이 노래가 반드시 연주되기도 했다.

그러나 1990년대 중반까지 위세를 떨쳤던 해태 타이거즈도 1997년 외환 위기 이후 모기업인 해태그룹이 휘청이면서 약해졌으며 결국 2001년 기아자동차로 구단이 넘어갔으며 해태를 인수한 KIA 타이거즈는 해태 타이거즈의 색채를 빼기 위해 아예 이 노래를 의도적으로 응원가에서 빼 버렸다. 이후 팬덤의 교체와 프로야구의 스포테인먼트화를 거치면서 목포의 눈물은 점차 잊혀져 갔고 현재 타이거즈의 젊은 팬 중에는 이 노래를 모르는 사람이 더 많을 지경에 이르렀다. 결정적으로 2009년 한국시리즈 6차전, 그리고 7차전 우승 확정 즈음 슬그머니 응원가로 복귀했는데 하필이면 전술한 대로 가사를 아는 사람이 드물어서 바로 호응이 끊겨 버렸다. 이후에는 거의 불리지 않는다.

목포 유달산에 가면 노래비가 세워져 있는데 이난영과 목포의 눈물, 그리고 연이어 나온 목포는 항구다 라는 노래를 기리기 위해 매년 이난영 가요제를 개최한다.

성냥팔이 소녀의 재림의 오프닝 음악으로 쓰였다. 정작 영화의 배경은 부산광역시다.

원래 제목은 ‘목포의 노래’였는데 나중에 목포의 눈물로 바뀐 것이라고 한다.

한일가왕전에서 아즈마 아키는 이 노래를 한국어로 부르기도 했다.

북한에서 내는 민요집에도 수록돼 있는데 남북분단 전의 노래라 넣은 듯하다.

드라마 정년이 3화에서 김태리가 노래했다. 이후 OST로도 발매되었다.

문일석 작사, 손목인 작곡

사공의 뱃노래 가물거리며
삼학도 파도 깊이 숨어드는데
부두의 새악시 아롱젖은 옷자락
이별의 눈물이냐 목포의 설음

삼백 년 원한 품은 노적봉 밑에
님 자취 완연하다 애달픈 정조
유달산 바람도 영산강을 안으니
님 그려 우는 마음 목포의 노래

깊은 밤 쪼각달은 흘러가는데
어찌타 옛 상처가 새로워지는가
못 오는 님이면 이 마음도 보낼 것을
항구에 맺는 절개 목포의 사랑